Distribution of Streptococcus pneumoniae serotypes in the northeast macro-region of São Paulo state/Brazil after the introduction of conjugate vaccine.

BACKGROUND: Infections caused by Streptococcus pneumoniae (Spn) still challenge health systems around the world, even with advances in vaccination programs. The present study evaluated the frequency of various Spn serotypes isolated in Regional Health Care Network 13 (RRAS 13), which includes the regional health departments (RHDs) of Araraquara, Barretos, Franca and Ribeirão Preto, especially after the introduction of 10-valent pneumococcal conjugate vaccine (PCV10) in 2010. METHODS: The analyzed Spn strains were isolated from patients with invasive pneumococcal diseases (IPDs) and then sent to Adolfo Lutz Institute (ALI) for further confirmative identification tests during the period from 1998 to 2013. The samples were from the cities in RRAS13, which is located in the Northeast region of São Paulo State, and totals 90 municipalities. RESULTS: We analyzed strains isolated from 796 patients. They were predominantly: men (58.9%); 20 to 60 years old (32.2%); evaluated from 2003 to 2010 (60.2%); and diagnosed with meningitis (45.7%) and pneumonia (45.0%), the most common invasive pneumococcal diseases. In 2010, serotypes 3, 19F, 1, 23F, 6A and 6B were among the most frequent, while serotypes 3, 12F, 14, 6A, 18C, 8 and 6B were more common after the introduction of PCV10. Serotypes 14, 19F and 3 were more frequent in meningitis, while serotypes 14, 3 and 1 prevailed in pneumonia. After 2010, there was a decrease in serotypes 14, 1, 23F and 5 and an increase in serotypes 3, 12F, 11A and 8, which were not present in the vaccine. CONCLUSIONS: The present study noted the increase in serotypes 3, 12F, 11A and 8 after vaccination. None of those serotypes are included in the available conjugate vaccines, which highlights the importance of continued monitoring of IPDs in order to measure the disease burden in the population in the long term and provide new epidemiological information to determine the impact of PCV10 in Brazil.

Isolamento de Campylobacter sp na região nordeste do Estado de São Paulo – Brasil / Isolation of Campylobacter sp in northeast region of São Paulo State – Brazil

As espécies de Campylobacter podem ser patogênicas ou comensais do trato gastrointestinal de animais domésticos e silvestres, sendo dispersas no ambiente contaminando água, pastos e plantações. São isoladas a partir do meio ambiente e animais, especialmente mamíferos, pássaros e aves domésticas. As espécies termófilas, principalmente C. jejuni e C. coli são reconhecidas mundialmente como agentes etiológicos de diarreia aguda em seres humanos, bem como infecção extraintestinal. Este estudo teve como objetivo avaliar a ocorrência de campilobacteriose nas análises realizadas pelo Centro de Laboratório Regional de Ribeirão Preto VI, Instituto Adolfo Lutz (CLR-RP-VI/IAL), provenientes da Rede Regional de Assistência à Saúde (RRAS-13), São Paulo - Brasil, durante o período de 1987 a 2013. Realizou-se o isolamento e a identificação de Campylobacter sp de acordo com metodologia tradicional. Avaliaram-se 2.534 amostras de fezes das quais 279 (11,0%) culturas foram positivas para Campylobacter sp: 63,1% C. jejuni; 3,9% C. coli; 0,4% C. laridis; 32,6% Campylobacter spp. Em 44 (15,8%) amostras ocorreu associação de Campylobacter sp com outras bactérias patogênicas. Isolou-se três casos em infeccções extraintestinais. É necessária vigilância constante para reduzir a ocorrência de campilobacterioses na região estudada, especialmente C. jejuni...

Phenotypic and genotypic characterization of Rhodococcus equi isolated from sputum

INTRODUCTION: Rhodococcus equi is an opportunistic pathogen, causing rhodococcosis, a condition that can be confused with tuberculosis. Often, without identifying M. tuberculosis, physicians initiate empiric treatment for tuberculosis. R. equi and M. tuberculosis have different susceptibility to drugs. Identification of R. equi is based on a variety of phenotypic, chromatographic, and genotypic characteristics. OBJECTIVE: This study aimed to characterize bacterial isolates from sputum samples suggestive of R. equi. METHODS: The phenotypic identification included biochemical assays; thin-layer chromatography (TLC) and polymerase chain reaction (PCR) were used for genotypic identification. RESULTS: Among 78 Gram-positive and partially acid-fast bacilli isolated from the sputum of tuberculosis-suspected patients, 51 were phenotypically and genotypically characterized as R. equi based on literature data. Mycolic acid analysis showed that all suspected R. equi had compounds with a retention factor (Rf) between 0.4-0.5. Genotypic characterization indicated the presence of the choE gene 959 bp fragments in 51 isolates CAMP test positive. Twenty-two CAMP test negative isolates were negative for the choE gene. Five isolates presumptively identified as R. equi, CAMP test positive, were choE gene negative, and probably belonged to other bacterial species. CONCLUSIONS: The phenotypic and molecular techniques used constitute a good methodological tool to identify R. equi.

Phenotypic and genotypic characterization of Rhodococcus equi isolated from sputum.

INTRODUCTION: Rhodococcus equi is an opportunistic pathogen, causing rhodococcosis, a condition that can be confused with tuberculosis. Often, without identifying M. tuberculosis, physicians initiate empiric treatment for tuberculosis. R. equi and M. tuberculosis have different susceptibility to drugs. Identification of R. equi is based on a variety of phenotypic, chromatographic, and genotypic characteristics. OBJECTIVE: This study aimed to characterize bacterial isolates from sputum samples suggestive of R. equi. METHODS: The phenotypic identification included biochemical assays; thin-layer chromatography (TLC) and polymerase chain reaction (PCR) were used for genotypic identification. RESULTS: Among 78 Gram-positive and partially acid-fast bacilli isolated from the sputum of tuberculosis-suspected patients, 51 were phenotypically and genotypically characterized as R. equi based on literature data. Mycolic acid analysis showed that all suspected R. equi had compounds with a retention factor (R(f)) between 0.4-0.5. Genotypic characterization indicated the presence of the choE gene 959bp fragments in 51 isolates CAMP test positive. Twenty-two CAMP test negative isolates were negative for the choE gene. Five isolates presumptively identified as R. equi, CAMP test positive, were choE gene negative, and probably belonged to other bacterial species. CONCLUSIONS: The phenotypic and molecular techniques used constitute a good methodological tool to identify R. equi.

Investigação de meningite por Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae e Haemophilus influenzae na região de Ribeirão Preto, SP, Brasil, utilizando métodos laboratoriais convencionais / Investigation of meningitis caused by Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae and Haemophilus influenzae in Ribeirão Preto, SP, Brazil, using conventional laboratory methods

A meningite é uma doença que acomete as populações de diferentes partesdo mundo, sendo caracterizada como um importante problema de saúdepública. O objetivo deste estudo foi avaliar a positividade para Neisseriameningitidis, Streptococcus pneumoniae e Haemophilus influenzaeutilizando diferentes métodos convencionais de diagnóstico laboratorial. O estudo incluiu os casos suspeitos de meningite bacteriana diagnosticados no Instituto Adolfo Lutz de Ribeirão Preto, ocorridos no período de janeiro de 2007 a dezembro de 2009. Foram analisadas 1.722 amostras utilizando, individualmente ou associados, os métodos de bacterioscopia, cultura delíquido cefalorraquidiano (LCR), hemocultura e/ou reação decontraimunoeletroforese. Entre as amostras analisadas, 392 (22,76%)apresentaram positividade para algum agente bacteriano em pelo menosum dos métodos utilizados. Dessas, 17,35% foram positivas para N.meningitidis, 15,82% para S. pneumoniae e 2,04% para H. influenzae. O fenótipo C: 23: P1.14-6 de N. meningitidis foi o mais prevalente, seguido do B: 4,7: P1.19,15. Os sorotipos 14, 3, 12F, 23F, 19F e 6B de S. pneumoniae foram os mais encontrados. O estudo concluiu que todos os métodos de diagnóstico laboratorial utilizados são complementares e nenhum delesdeve ser negligenciado. A cultura continua sendo considerada o padrãoouro para o diagnóstico dameningite bacteriana

Isolamento, caracterização e resistência a antimicrobianos de bactérias Gram-negativas aeróbias e anaeróbias facultativas de amostras de solo / Isolation, characterization, and antimicrobial resistance of Gram-negative aerobic and facultative anaerobic bacteria from soil samples

Cerca de 7% da população bacteriana do solo está representado por bactérias Gram-negativas aeróbias/anaeróbias facultativas. Muitas espécies são patogênicas e estão envolvidas em casos de infecções hospitalares. O potencial de patogenicidade dessas bactérias pode ser avaliado através da investigação da sua resistência a antimicrobianos. Além deste propósito, o objetivo do trabalho foi também identificar bacilos gram-negativos (BGN) isolados do solo. Para isso, 18 amostras de solo foram semeadas em caldo de Hajna. A obtenção de colônias isoladas seguiu-se em Mc Conkey ágar e Mueller Hinton ágar com 5% de sangue de carneiro. Foram repicadas 283 colônias com diferentes características morfológicas, em meio de IAL. Na triagem, obteve-se BGN fermentadores e não fermentadores, cuja identificação se fez pela metodologia convencional. Identificou-se 94,35% de enterobactérias e 5,65% BGN não fermentadores. A resistência bacteriana foi mais expressiva aos antibióticos ampicilina, cefalotina, cefoxitina, amoxicilina com ácido clavulânico e tetraciclina, variando entre 49,82% a 87,28%. Todos os isolados bacterianos foram resistentes a pelo menos um antibiótico, o que demonstra considerável potencial patogênico por constituírem um reservatório de resistência. A associação entre solo e resistência antimicrobiana precisa ser mais estudada. Observações e experimentos adicionais possibilitarão conhecer melhor essa relação e os processos que possam contribuir para a emergência de bactérias resistentes.